Mặc dù Kim tự tháp Bonanza đã được khám phá từ lâu, nhưng những nghiên cứu và khám phá mới vẫn tiếp tục được thực hiện. Các nhà khảo cổ học và nhà nghiên cứu hiện đại đã sử dụng các công nghệ mới như tia X, radar xuyên đất và phân tích DNA để tìm hiểu sâu hơn về công trình này. Một số khám phá gần đây đã chỉ ra rằng bên trong kim tự tháp có thể còn những mộ táng chưa được phát hiện, hoặc thậm chí là những dấu tích của các nền văn minh khác đã từng