Lý do Athena trừng phạt Medusa, mặc dù trong nhiều phiên bản của câu chuyện, Medusa không hề có tội lỗi rõ ràng, vẫn là một câu hỏi lớn trong thần thoại Hy Lạp. Một số học giả cho rằng, Athena có thể đã phẫn nộ vì sự xúc phạm trong đền thờ của mình, khi mà Medusa và Poseidon đã phạm phải một điều cấm kỵ trong thế giới của các vị thần: quan hệ tình dục tại một nơi thiêng liêng. Tuy nhiên, câu chuyện của Medusa cũng phản ánh một mảng tối của thần tho