Không ít người ví Mystery Mice như một tác phẩm nghệ thuật có thể chơi được, thay vì chỉ là trò chơi đơn thuần. Một số nhà phê bình còn so sánh trò chơi này với các tiểu thuyết trinh thám nổi tiếng như "Sherlock Holmes" hay phong cách của phim "Coraline".Cốt truyện giả định:Trong thế giới hậu tận thế năm 2149, loài người bị tấn công bởi sinh vật sinh học ngoài hành tinh có tên là “Sirius Spore”. Để đối đầu với hiểm họa, một tổ chức khoa học tối mật