Tuy nhiên, bên cạnh hoạt động khai thác hợp pháp, khai thác vàng trái phép đang là vấn nạn nhức nhối, đặc biệt tại các khu vực rừng núi xa xôi, khó kiểm soát. Các đối tượng sử dụng thiết bị khoan, đào hầm thủ công, sử dụng hóa chất độc hại như thủy ngân, xyanua để tách vàng từ quặng. Hoạt động này không chỉ gây tổn thất nguồn tài nguyên quốc gia mà còn phá hủy hệ sinh thái, gây ô nhiễm nguồn nước, đất, ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khỏe cộng đồng.